Bei Verstößen gegen GMP-Richtlinien können Behörden eine Reihe von Maßnahmen ergreifen, je nach Schwere und Art des Verstoßes. Dies kann von formellen Abmahnungen über Bußgelder bis hin zum Entzug der Produktionslizenz reichen. Zudem dürfen Produkte von minderwertiger Qualität nicht verabreicht werden, und müssen schlimmstenfalls nach Inverkehrbringung zurückgerufen werden, was immense Kosten verursacht und das Image des Herstellers und der gesamten Brache schwächt. Es ist daher im Interesse jedes Unternehmens, stets die GMP-Standards einzuhalten und regelmäßige interne Überprüfungen durchzuführen, damit die GMP-Audits reibungslos ablaufen.